Astfel, crearea Agenției Navale a Republicii Moldova va autoriza fortificarea eforturilor întreprinse pentru micșorarea numărului de nave ce nu corespund cerințelor convențiilor internaționale și care fac escală în porturile din republică, prezentând un potențial pericol pentru securitatea ecologică din zonă. Aceasta va avea un efect semnificativ asupra calității navelor ce sunt exploatate sub pavilionul Moldovei, și respectiv, asupra imaginii Republicii Moldova pe plan internațional.
Rolul autorității navale este dezvoltarea continuă a capacității Republicii Moldova în scopul gestionării unui număr cât mai mare de transporturi maritime și pe căi navigabile interne, ceea ce va permite țării noastre să contribuie semnificativ la dezvoltarea economiei naționale, transportul naval fiind unul dintre principalii factori de cooperare economică pe plan mondial.
Agenția Navală va avea un buget autonom, și va activa în baza principiilor de autogestiune și autofinanțare. Prin urmare, instituțiile din domeniul naval actualmente existente, Căpitănia Portului Giurgiulești și Registrul Naval, vor fi reorganizate și comasate în cadrul Agenției Navale.
