Precizăm că, în 2012 judecătoarea a fost obligată de o decizie a Consiliului Superior al Magistraturii – fie să accepte transferul la Curtea de Apel Chişinău sau la o altă instanţă inferioară, fie să plece onorabil din sistem, prezentându-şi demisia. Decizia CSM a fost luată în baza informaţiei privind experiența judecătorilor Curţii, capacitatea şi volumul de muncă efectuat, nivelul de profesionalism, imaginea şi integritatea personală, în societate şi în rândurile colegilor, a fiecărui judecător în parte, prezentată de Mihai Poalelungi, care atunci era preşedintele Curţii Supreme de Justiţie.
Cernat nu a fost de acord cu decizia CSM, iar în iunie 2013 ea a depus o cerere la CEDO invocând că dosarul său nu a fost judecat în mod echitabil. Pentru portalul anticoruptie.md, judecătoarea a spus că s-a adresat la CEDO pentru că, consideră că, decizia CSM a fost o comandă politică.
În 2012, Cernat a fost vizată într-o investigație jurnalistică în care reporterii au dezvăluit că Cernat locuieşte într-un imobil de lux din Capitală, într-un cartier supranumit „Orașul poveștilor”, trecut pe numele soacrei sale, o pensionară trecută de vârsta de 80 de ani. Bătrâna a cerut în instanţă despăgubiri de câteva zeci de milioane de lei de la firma ce a ridicat complexul pentru că aceasta nu a executat la timp lucrările de construcţie. Curtea de Apel Chişinău i-a acordat 25 de milioane de lei drept prejudiciu moral şi material, dar CSJ a casat hotărârea. Sesizaţi de Oleg Efrim, fostul ministru al Justiţiei, procurorii au refuzat să înceapă urmărirea penală.
Decizia
Judecătoarea s-a regăsit și în lista judecătorilor pe care Ministerul Justiției anunța că îi va da în judecată pentru pierderea dosarelor împotriva Republicii Moldova la Curtea Europeană a Drepturilor Omului în ultimii ani.
În prezent, Nina Cernat este membru al Consiliului Suprem al Magistraturii. Ea a fost detașată la CSM din partea Curții de Apel Chișinău. Mandatul său a început la 1 decembrie 2017 și se încheie la 1 decembrie 2021, inclusiv.