Pentru activitatea îndelungată și rodnică în organele financiar-bancare, contribuție substanțială la prefecționarea controlului economico-financiar și înalt profesionalism, Ion Ciubuc a fost decorat la 31 decembrie 1996 cu Ordinul „Gloria Muncii”.
Între 24 ianuarie 1997 și 1 februarie 1999, Ion Ciubuc a fost prim-ministru al Republicii Moldova în două guverne succesive.
La 1 februarie 1999, Ion Ciubuc a demisionat din funcția de prim-ministru și astfel pleca de la putere primul guvern instalat de Coaliția de centru dreapta – Alianța pentru Democrație și Reforme.