Zimbru Chișinău a fost fondat în anul 1947 cu denumirea Dinamo și este unul din cele mai vechi cluburi din Moldova. Zimbru a fost echipa-fanion, care a reprezentat Moldova în Imperiul Sovietic, perioadă în care a purtat mai multe denumiri: Burevestnik, Moldova, Avântul și Nistru. Cea mai bună clasare în campionatele URSS a obținut-o Burevestnik în anul 1956: locul 6. La Nistru a jucat și cel mai bun fotbalist moldovean din secolul trecut, Pavel Cebanu.
După proclamarea independenței Moldovei, Zimbru, care poartă actuala denumire din 1991 a fost preluată de Nicolae Ciornîi. Galben-verzii au câștigat 8 titluri de campioană în anii 90. Tot Zimbru a fost și prima echipa care a reprezentat Moldova în cupele europene. În august 2003, Zimbru a jucat cu Beitar Ierusalim în preliminariile Champions League, 1-1 la Chișinău. Primul gol in Europa a fost marcat de Radu Rebeja.
Până în prezent Zimbru și-a adjudecat 6 Cupe ale Moldovei, ultima dintre acestea în anul 2014. Atunci Zimbru a învins în finală Șerif Tiraspol cu 3-1.
Zimbru este singura echipă care a participat la toate edițiile Diviziei Naționale, de la fondarea ei în 1992 până în prezent.
Milsami Orhei a fost fondată în anul 2005, în satul Step-Soci din raionul Orhei, de către omul de afaceri Ion Dolgu. Prima denumire a fost Viitorul Orhei.
În 2010 clubul a fost preluat de Ilan Șor, care i-a schimbat denumirea în Milsami, denumire compusă din inițialele părinților și a soției investitorului. În anul 2011, echipa a fuzionat cu formația Ursidos Chișinău, patronată de Veaceslav Ursachi, noul club fiind denumit FC Milsami-Ursidos. Anume în acel sezon, 2012, orheienii au câștigat primul lor trofeu: Cupa Moldovei Orange, după ce au învins în finală, la lovituri de departajare echipa Rapid Ghidighici. Peste câteva luni, Milsami-Ursidos a câștigat și Supercupa Moldovei.
În sezonul 2014-2015 echipa a câștigat în premieră și singura data titlul de campioană a Moldovei, acesta fiind și primul caz când o echipă dintr-un alt oraș decât Chișinău și Tiraspol câștigă titlul în Republica Moldova.
